Du XIVe au XVIIIe siècle, l'industrie drapière assure à la bastide une économie prospère dont témoignent les hôtels particuliers élevés par les riches marchands carcassonnais. Peu à peu, les notables et les autorités civiles, juridiques et religieuses, préfèrent la Ville Basse à la cité qui perd sa raison militaire avec le traité des Pyrénées, rattachant définitivement en 1659 le Roussillon au domaine français. En 1801, le siège épiscopal est transféré dans l'église Saint-Michel de la bastide laissant à l'abandon l'ancienne cathédrale Saint-Nazaire et Saint-Celse. Le déclassement de la forteresse est prononcé trois ans plus tard par Napoléon Ier. Inscrite en 1820 parmi les places fortes de deuxième catégorie, elle n'est entretenue qu'au minimum par le ministère de la Guerre. Le processus d'abandon dont elle est l'objet s'inverse cependant sous la Monarchie de Juillet lorsque les érudits locaux relayés par le récent service des Monuments historiques interviennent sur le destin de la vieille ville. C'est avec une conscience patrimoniale nouvelle que débute en 1844, sous la direction de l'architecte Eugène Viollet-le-Duc, l'un des plus exceptionnels chantiers de restauration du XIXe siècle.