Très vite, dirigeants et érudits locaux et particulièrement Jean-Pierre Cros-Mayrevieille se mobilisent pour la préservation de la forteresse menacée. Leur action, loin d'être isolée, participe à la notion nouvelle d'un patrimoine historique. Ils trouvent, dès 1835, en la personne de Prosper Mérimée, Inspecteur des Monuments historiques, un soutien actif. L'ancienne cathédrale Saint-Nazaire et Saint-Celse est la première à bénéficier, dès 1840, d'une protection au titre des Monuments historiques qui précédera de peu le début des restaurations. Le classement, étendu à l'ensemble de la forteresse en 1849, est accompagné d'une étude détaillée de l'état des fortifications que l'architecte Eugène Viollet-le-Duc réalise en prévision des futurs travaux. Parallèlement, afin de rendre aux fortifications leur aspect médiéval, l'Etat entreprend dès 1852 le dégagement progressif des maisons dans les lices, en ayant recours si nécessaire, à l'expropriation des habitants qui ressentent cruellement ces mesures autoritaires. Cette opération de longue haleine dure plus d'un demi-siècle et symbolise l'entrée de la cité dans un nouveau statut de Monument historique, au détriment d'une communauté urbaine dépossédée de son destin.
