Durant vingt longues années, la guerre menée contre les hérétiques va éprouver et laminer profondément le Midi de la France. À la suite de l'assassinat du légat pontifical, Pierre de Castelnau, le 14 janvier 1208, Innocent III lance la croisade contre les Albigeois. En 1209, les seigneurs venus du Nord conduits par Simon de Montfort se lèvent contre le comte de Toulouse, Raimond VI, et ses vassaux dont le puissant vicomte Trencavel afin de libérer le pays de ce qu'ils nomment " l'hérésie cathare". Après la soumission de Raimond VI, les croisés prennent en juillet 1209 la ville de Béziers poussant Raimond Roger Trencavel à se replier dans sa forteresse carcassonnaise. Le vicomte capitule après quatorze jours de siège et doit abandonner, sur décision pontificale, l'ensemble de ses possessions à Simon de Montfort. Devant les revirements du comte de Toulouse et à l'issue de la bataille de Muret en 1213, Simon élargit son autorité au comté de Toulouse. Après sa mort, son fils Amaury, peu armé pour s'imposer sur ces terres hostiles, cède ses droits au roi de France, en 1224. Raimond VII profite de l'occasion pour prendre la cité et la remettre à Raimond Trencavel II. Louis VIII répond en lançant une expédition militaire et la ville se soumet sans combattre en juillet 1226. La vicomté est définitivement annexée à la couronne de France qui instaure à Carcassonne une sénéchaussée. La croisade s'achève le 12 avril 1229 par le traité de Meaux-Paris par lequel Raimond VII convient du mariage de sa fille unique, Jeanne, avec le frère du roi, Alphonse de Poitiers, à qui reviendra ainsi l'ensemble de ses possessions.
