À l'issue du siège de la cité par Raimond Trencavel II, qui laisse les faubourgs ruinés et les fortifications de la cité profondément altérées, on répare dès 1242 plusieurs tronçons de l'enceinte extérieure et la barbacane d'Aude qui constitue un poste avancé sur le flanc occidental de la cité. Les faubourgs Saint-Vincent et Saint-Michel implantés sur les côtés nord-est et sud-est de la cité sont détruits afin d'empêcher des éventuels soulèvements de leurs habitants. L'édification de la tour de la Peyre et de la tour de la Vade (dont l'achèvement est attesté en 1245) vient assurer la défense de la cité sur son front sud-est. Le château qui reçoit une garnison permanente est agrandi : les corps de bâtiment romans gagnent un étage et sont complétés au sud par une nouvelle construction abritant une salle d'apparat.
